Историята на Брюкселския свободен университет е тясно свързана с историята на Белгия. Когато деветте провинции, отцепили се от Кралство Нидерландия, образували държавата Белгия през 1830 г., в страната имало три университета: Гент, Лиеж и Льовен. Въпреки че Брюксел станал столица, той още нямал свой университет.
       Затова, през 1831 г., група водещи брюкселски авторитети от областта на изкуствата, науката и образованието си поставили целта да създадат университет за града. Те имали възможността, ако не успеят да създадат държавен университет, да сформират частна институция, тъй като Белгийската конституция, най-либералната в Европа, го позволявала. Намирайки финансовия натиск на трите съществуващи университета за прекалено обременителен, белгийското правителство показало слаб ентусиазъм за създаването на още един държавен университет. Но когато през 1834 г. епископатът решил да създаде Католическия университет в Мехелен, събитията започнали да се развиват много бързо. Либералните професии и Свободните масони, които стоели зад проекта за създаване на Брюкселски свободен университет, увеличили усилиятя си, и това довело до създаването на Свободния университет на Белгия, както в началото бил известен БСУ. Първата учебна година започнала на 20 ноември 1834 г.
       Когато отворил врати през 1834 г., Университетът имал 96 студенти, докато сега има над 18000. Броят на факултетите и школите също нараснал, заедно с непрекъснатото появяване на нови дисциплини и все по-големия брой на нови специализации. Днес БСУ осигурява преподаване по всички основни учебни дисциплини. Той стопанисва няколко учебни болници и администрира изследователски-ориентирани научни паркове.
        БСУ е университет от международно значение, който през 160-те години на своето съществуване си е извоювал водещо място в академичната общност.
       Днес той се радва на положението си на един от водещите френскоезични университети в света.