В края на 18-ти век замисъла на Фридрих фон Хумболт нарисува един "universitas litterarum", обединяващ преподаването с изследователската дейност и стремящ се към всестранно хуманитарно образование. Това бяха ръководните принципи, които доведоха до създаването на Берлинския университет с неговите четири факултета (право, медицина, философия и теология) през октомври 1810 г.
       Шарите, болницата, която е създадена през 1727 г., на основата на приют за болни от чума, през 1829 г. става Факултет по медицина към универститета. Училището по ветеринарна медицина, отворено през 1790 г., и Музеят по естествена история също са присъединени към нея. Берлинският селскостопански колеж, основан през 1881 г., с корени в селскостопанското училище в Моглин, става Катедра по селско стопанство на университета през 1934 г.
       По време на началната фаза кралската библиотека е била използвана като университетска; собствената библиотека на Университета е основана през 1831 г.
        От 1828 до 1945 alma mater berolinensis носи името Университет "Фридрих Вилхелм".
       Двадесет и девет Нобелови лауреати са били свързани с Берлинския университет в хода на своите преподавателски и изследователски кариери, допринасяйки за отличната академична репутация, на която Университета се радва днес.
         Периодът на нацизма причини непоправими вреди на висшето образование в Германия, достигайки своя връх с изселването на голям брой академици и студенти с еврейски произход, както и с изгарянето на книги на 10 май 1933 г.
         Курсовете са подновени през януари 1946 г., след края на Втората световна война, в началото само в седем Катедри на силно повредения университет. Конфликти по повод на опитите на комунистите да влияят върху работата на университета довеждат до разделение в персонала и студентското тяло, и след това до основаването на Свободния университет в Западен Берлин през декември 1948 г. Старият университет на булевард "Унтер ден линден" е преименован на "Хумболтов университет на Берлин", по името на братята Вилхелм и Александър фон Хумболт.
         Процесите във висшето образование в бившата ГДР, и особено след Третата реформа във висшето образование от 1968 г., създават структури в Хубмолтовия университет, които вече не следват предишните академични традиции, изменяйки съдържанието и организацията на академичното обучение, както и условията за провеждане на изследвания. Въпреки силния натиск, университетът успява да получи международно признание в много области на науката.
         След обединението на Германия през 1990 г. в университета е създадена нова академична рамка. Съдържанието на курсовете беше оценено, поправено и преформулирано, а целият състав - подложен на личностна и професионална оценка. Около 500 професори са назначени или преназначени до днес. Източно и Западногерманците са приблизително в равно съотношение сред професорите; жените са 13% от персонала.
         След реорганизацията, Хумболтовия университет се състои от 11 факултета и две централно администрирани институции - Музеят по естествена история и наскоро основания Център за британски изследвания.
         Днес, в Хумболтовия университет се изучават 224 специалности. През учебната 2000 г. в него са се записали 33000 студенти. Около 11% от тях са чужденци.
         Шарите е голяма медицинска клиника в центъра на Берлин. Тя се слива с Клиника "Вирхов", намираща се наблизо - в северозападния район на Вединг.
         Днес, Факултета по медицина "Шарите" с около 5500 студенти, е един от най- големите в Хумболтовия университет. Около 400 студенти постъпват всяка година, като около 30% идват от Западна Германия и Западен Берлин, 60% - от Източна, и около 10% са от чужбина.